HACCCPは導入することで義務を達成することができる衛生管理手法ですが、導入するだけでなく第三者機関に対して認証を受けることで導入している衛生管理の品質が最上級のもの、このような証に繋がるので取得を希望される企業も少なくありません。ただ、準備から認証を得られるまでには1年以上の期間が必要であり定期的な監査を受けてそれぞれの審査で合格しなければ認証が取り下げられてしまうなど、規模が小さな事業所などでは最初の審査に通過できても監査で落ちてしまうなどのケースもありがちです。基本的に、HACCPの衛生管理は第三者機関による認証を受ける必要はないのですが、利害関係がない第三者機関による公平な審査を通過することが求められるので取引先からの信頼性の向上への期待、新規参入などのときにも有利になるメリットがあります。ちなみに、HACCP認証の審査機関は色々あるのですが、一般的には総合衛生管理製造過程・業界団体・地域認定HACCP・民間審査機関の4種類に分類できます。
総合衛生管理製造過程は、厚生労働省が食品衛生法により定められた認証です。乳製品・食肉製品など6つの製品だけが対象、業界団体は民間団体によるHACCP認証で団体が指定している特定の業界および業種のみが取得対象です。地域認定HACCPは、それぞれの自治体が独自に定めているもので中小企業でも比較的取得しやすいといいます。民間審査機関は、フードチェーン全体を適用範囲にしているので、他の認証では含まれない業種なども対応可能です。